Para averiguar quién inculpó a Booth por el crimen, el equipo del Jeffersonian, con ayuda del agente especial James Aubrey, continúa investigando quién está detrás de la conspiración que involucra al Gobierno y al FBI. Cuando averiguan que hay adn desconocido en una víctima relacionada con el escándalo, el equipo consigue acotar el número de sospechosos.